Институттің негізгі міндеті – агрофитоценоздарға пестицидтік жүктемені азайту мақсатында өсімдіктерді зиянды организмдерден қорғаудың кешенді жүйесін әзірлеу және өсімдіктер карантинін ғылыми тұрғыда қамтамасыз ету арқылы Қазақстан Республикасының аумағында ұлттық қауіпсіздікті (азық-түлік, экологиялық, биологиялық) сақтау.
ҚазӨҚКҒЗИ ғалымдары университеттердің студенттері, магистранттары мен докторанттары, зерттеушілер, фермерлер және бағбандар арасында білім таратумен, сондай-ақ вебинарлар, семинарлар мен конференциялар ұйымдастырумен айналысады.